Главный алтарь был освящен в честь святого Никиты, боковые приделы — в честь Благовещения Пресвятой Богородицы и святой равноапостольной княгини Ольги.
Первоначальная каменная церковь Святого Никиты была построена в первой трети XVI века.
В 1595 году церковь была перестроена. Новая ризница была построена на основе предыдущей четырехсторонней. Храм был окружен с трех сторон галереей и имел три входа с галереи. Боковой алтарь Благовещения был добавлен в 1685 году.
Крест из Благовещенского придела относится к XVII веку и был взят из Московского Кремля во время реставрации. В середине 18 века в церкви Благовещения была установлена часовня Святого Онуфрия Великого. В 1827 году был устроен придел Святого Онуфрия Великого во имя двух святых — Святого Онуфрия Великого и Святого Петра Афонского, празднуемых в один день. Колокольня Никитской церкви была построена в первой половине XVII века. К нему примыкала обходная галерея церкви, с которой можно было попасть на второй уровень колокольни.
С 1936 года до середины 1950-х годов церковь была закрыта, и в это время были утрачены завершение колокольни и ярус колоколов.
В 1872 году на месте северного бокового алтаря церкви по проекту архитектора А.П. Попова был установлен придел во имя святой равноапостольной княгини Ольги.
В 1936 году церковь была закрыта. Здание не использовалось до середины 1950-х годов. В 1957-60 годах были проведены реставрационные работы, и до 1990 года здание церкви использовалось как склад для фабрики «Диафильм».
С 1991 года храм был открыт и использовался для размещения Митрохиона русского монастыря Святого Пантелеймона на Афоне, подчиненного Патриарху Московскому и всея Руси.
С 1992 года по настоящее время в церкви проводились ремонтно-реставрационные работы.
Дважды, в 1996 и 2000 годах, на кладбище привозили великую святыню с Афона — ковчег с главой святого Пантелеймона; в 2003 году привезли подножие Андрея Первозванного, а в 2007 году — главу святого Луки Евангелиста.
В 2005 году Метохион отметил 1700-летие мученической кончины святого Пантелеймона. Торжества возглавил Его Святейшество Алексий II, Патриарх Московский и всея Руси.
Святыни святынь
Святилище святого архимандрита Никиты
Святилище с мощами святого Аристоклия, старца Московского.
Чтимая икона с ключом «Богоматерь Скорбящая» с автографом святого Аристоклия.
Чтимая икона с мощами святого Пантелеймона, святого Андрея Первозванного, святого Силуана Афонского.
Чтимая икона «Помощь всем душам», написанная на святой горе Афон.
Церковь Святого Андрея в приходском доме на церковном кладбище. Гончарная улица, 4.
Церковь в честь всех афонских святых в здании братства на церковном дворе.
Улица Гончарная, 4, стр. 4. 4.
Часовня для подачи воды. 4 Гончарная улица, стр. 5.
Часовня в честь преподобного Силуана Афонского в Афонском монастыре. ул. Поклонная, д. 4, стр. 2
Часовня Святого Силуана Целителя Пантелеймона на территории Афонского монастыря, ул. Гончарная, 4, стр. 2. ул. Гончарная, 4, стр. 2, Часовня Святого Пантелеймона Целителя на территории Афонского монастыря. 5а
