Он был основан на горе у села Новый Почаев около 1240-1241 годов отшельником Киево-Печерской лавры, бежавшим после опустошения Киева ханом Батыем. История не сохранила их имена. Из древнейших летописей Почаевского монастыря сохранился только один факт, доказывающий, что монахи были на горе уже в 1240 году, потому что двое из них с жителем села Почаев, пастухом Иваном Босым, по преданию, видели в том году явление Богородицы, стоящей на Почаевской скале в огненном виде. На месте, где стояла Пресвятая Дева Мария, остался отпечаток Ее ноги, наполненный чистой и целебной водой. Позже, вероятно у подножия горы, монахи построили каменную церковь, посвященную Успению Божьей Матери.
Со временем лавр начал крошиться. И снова монастырь был организован помещицей Анной Гойской, которая в 1597 году привезла чудотворную икону Божьей Матери из своего собственного монастыря в Орле. Это произошло после того, как Филипп Козинский, слепой брат Гойской, вновь обрел зрение благодаря иконе. До изъятия икона хранилась в доме помещицы около 30 лет и была подарена ей митрополитом Неофитом Греческим в качестве подарка за гостеприимство.
В 1596 году монахи Почаевской лавры решительно выступили против унитарианства. В период литовского владычества на Волыни главными духовными деятелями Лавры и самыми непримиримыми противниками униатства были преподобный Феодор, князь Острожский, и святой митрополит Фотий, а также преподобный Иов, игумен Почаевского монастыря (+28 октября / 10 ноября 1651 года), и священномученик Макарий, архимандрит Овручский (+ 1678 года).
С 1713 по 1831 год Лавра находилась под властью униатов. В 1833 году монастырь был возвращен православной церкви и получил статус лавры, что позволило ему занять четвертое место среди существующих в России.
В 1991 году при монастыре была открыта богословская школа (с 1994 года Почаевская духовная семинария).
С 1997 года монастырь находится в ведении ставропигии Украинской православной церкви.
Лаврские святыни:
— Почаевская икона Божией Матери (в Успенском соборе);
— Следы Богородицы с целебным источником (в Успенском соборе);
— Мощи святого Иова из Полаево (пещерная церковь Святой Троицы);
— мощи святого Амфилохия Почаевского (в пещерной церкви Святой Троицы).
Лаврские храмы:
— Собор в честь Успения Пресвятой Богородицы (построен известным благотворителем монастыря графом Николаем Потоцким в 1780 году; позже к нему были пристроены две часовни — в 1842 году в честь Николая Чудотворца и в 1859 году в честь Александра Невского);
— церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы, кладбище;
— церковь во имя Архистратига Михаила, пристроенная к покоям протоиерея;
— церковь во имя Святой Троицы;
— Церковь во имя святых Антония и Феодосия Печерских;
— церковь во имя Святой Варвары.
