Ферапонтов Белозерский монастырь был основан преподобным Ферапонтом в 1398 г. Он расположен в 18 км от Кирилова между озерами Пасик и Бородаевск. Это уникальный памятник истории, архитектуры и настенной живописи 14-20 веков, сохранившийся в архитектурном ансамбле 15-17 веков. В течение 400 лет здесь был монастырь, затем в 1798 году он был упразднен, а в 19 веке стал Ферапонтовским приходом. В 1904 году в стенах монастыря возобновилась монашеская жизнь. Монастырь просуществовал до 1925 года. После изгнания монахинь службы проводились до 1935 года, после чего монастырь стал частью краеведческого музея Дионисия. В 1974 году был открыт музей фресок Дионисия. Службы в Ферапонтовом приходе были возобновлены в 1989 году.
Монастырь имел двух основателей и был назван Ферапонтово-Белозерским Богородице-Рождественским Мартиниевым монастырем. Он был основан в вотчине князя Андрея Дмитриевича Мажайского. Изначально она была невелика и держалась вдали от населенных пунктов и дорог. К началу 15 века число монахов составляло 10-15 человек. Позже вдоль его стен проходила большая дорога на Архангельск через Каргополь, которая использовалась как торговый путь на север, а в Соловецкий монастырь совершались паломничества.
Расцвет духовной культуры начался при игумене Мартине, который принес сюда «книжное дело», и его ученике Иоасафе, архиепископе Ростовском. Здесь создавалась агиографическая и философская литература. Среди духовных писателей были митрополит Спиридон-Савва, монах Кассиан Грек, монахи Паисий и Матфей. Среди насельников монастыря были прославлены как святые монах Ферапонт, Мартиниан, Кассиан Грек (в миру Константин, князь Мангупский, основатель Угличского Учемского Эрмитажа), местночтимый блаженный Галактион — юродивый за Христа. В монастыре также почитали архиепископа Ростовского Иоасафа (Оболенского), строителя собора Рождества Богородицы. Среди известных монахинь монастыря был епископ Пермский и Вологодский Филофей.
Расцвет хозяйственной деятельности монастыря пришелся на время правления Василия II Темного, Василия III и его сына Иоанна Грозного, которые, посещая монастырь во время паломничества, щедро одаривали его судами, землями, деньгами и привилегиями. В 17 и 18 веках монастырь пережил бедствия: были пожары и грабежи. Его начали польско-литовские «воры» в 1612-1616 гг. После неудачной осады Кирилло-Белозерского монастыря банда разбойников начала грабить окрестные деревни. В конце концов, имущество монастыря было отобрано по указу в 1764 году. После этого монастырь пришел в упадок и был упразднен в 1798 году.
В XVII веке монастырь должен был стать местом ссылки для свергнутого патриарха Никона, который отбывал здесь 10-летнюю ссылку с 1666 года. В 1676 году, после смерти царя Алексея Михайловича, врагам Никона удалось добиться его перевода в Кириловский монастырь, где престарелый и больной патриарх провел последние пять лет своей жизни в суровом заточении. Он был освобожден по наущению своего крестника, царя Феодора Алексеевича, но умер по дороге в Воскресенский монастырь в Новом Иерусалиме под Ярославлем. Помимо патриарха Никона, в монастырь в разное время ссылали Спиридона-Савву, митрополита Литовского и Киевского, и святителя Арсения, митрополита Ростовского, казненного по воле императрицы Екатерины II.
С восстановлением монастырской жизни в начале XX века к Ферапонтову монастырю была привлечена Императорская археологическая комиссия, и начались реставрационные работы под руководством академика архитектуры П. Покришкина. Церковные древности в монастыре полностью сохранились. Впервые в стране были проведены масштабные работы на всем комплексе зданий. Во всех церквях и палатах были заложены новые фундаменты, обновлены своды, а также оболочки Рождественского и Благовещенского соборов.
Архитектура монастыря уникальна по своей древности. Это, пожалуй, единственный в стране ансамбль древних зданий, относящихся к дозавоевательным временам. В то же время среди зданий — самый древний каменный храм Русского Севера — собор Рождества Пресвятой Богородицы 1490 года, по всей внутренней поверхности которого сохранились древние фрески Дионисия 1502 года. Архитектурный ансамбль состоит из 4 церквей (6 алтарей), колокольни, сокровищницы и трапезной. Здания часовен не сохранились ни от мужского, ни от восстановленного женского монастыря. Последние представляли собой деревянные 2-этажные здания. Небольшая территория обнесена невысокой оградой с двумя угловыми башенками и тремя воротами.
Церковь Рождества Пресвятой Богородицы 1490 года является главной достопримечательностью Ферапонтово-Белозерского монастыря, поскольку в ней сохранились уникальные фрески 1502 года, написанные Дионисием, известным древнерусским иконописцем. Древние иконы в соборе были написаны Дионисием. Однако в 1930-х годах иконостас был убран «из-за его низкой художественной ценности». Иконы находятся в Кирилло-Белозерском музее-заповеднике, Третьяковской галерее и Русском музее. Помимо главного алтаря, в соборе была южная боковая часовня с небольшим куполом над ней. Часовня была освящена во имя Святого Николая, архиепископа Мирликийского. С северной стороны была пристроена небольшая колокольня, остатки которой стали частью крыльца. Фрески Дионисия сделали монастырь Святого Ферапонта всемирно известным в 20 веке. В 2000 году памятник был внесен в список Всемирного наследия ЮНЕСКО.
Благовещенская церковь с трапезной 1530-1531 гг. была построена на пожертвование царя Василия III к рождению его наследника Иоанна IV, после пребывания царя в Белозерье. Подвал трапезной использовался как трапезная и пекарня. Примечательна архитектура трапезной. Особый интерес представляет ныне скрытый уровень колоколен над церковью, который был построен «для колоколов». В слое имеются хитроумно расположенные камеры — резонаторы. После постройки колокольни здесь находилось хранилище для книг, к которому вела скрытая лестница из алтаря. Благовещенская церковь и собор Рождества Богородицы соединены каменными переходами через 2-й ярус колокольни. Казенная палата 1-й трети XVI века — одно из редких зданий гражданского назначения. Верхний этаж был книжным магазином и хранилищем казны и книг, нижний этаж назывался сушильней, и это название было дано всему зданию.
Гробница Святого Мартина 1641 года — это гробница одного из основателей монастыря, где под сводом покоятся его мощи. Место захоронения было украшено резной деревянной позолоченной мантией, на которой были размещены тексты с выдержками из его Жития. У ног святого, ближе к алтарю, похоронен его ученик Иоасаф, архиепископ Ростовский. Церковь Богоявления 1649 года с приделом во имя святого Ферапонта у Святых ворот служила семейной церковью опального патриарха Никона. К церкви примыкает каменная келья, в которой, по преданию, жил изгнанный Патриарх, когда его келья была построена в 30 саженях от Святых ворот.
Трехъярусная колокольня XVII века имеет высокий открытый квадратный шатер, над которым сохранился старинный часовой механизм 1635 г. Он был восстановлен в 1990 г. часовым мастером Ю.П. Платоновым, который также реставрировал колокола.
Сохранившиеся святые реликвии включают 9 античных антиминсов 15-17 веков из собора Рождества Богородицы, ковчег святого Мартина 1646 года, льняную мантию святого, игуменское сидение и житийную икону Ферапонта и Мартина 1732 года, написанную монахом Феодосием. От времени ссылки сохранились кресло, сделанное патриархом Никоном в 1668 году в Ферапонтовом монастыре, его стол и кресло из кельи над воротами. Искусственный остров на озере Бородаево, построенный из камней святым изгнанником, был восстановлен.
В год 600-летия монастыря на острове был воздвигнут Крест мира.
